琴酒用枪指着柯南的情节出现在《名侦探柯南》第2集。具体信息如下：

剧情背景

第2集中，琴酒作为黑衣组织成员登场，他手持银色长枪，枪口对准了倒在地上的Vermouth（即基德）。他冷冷地喊出“叛徒”，并威胁柯南（工藤新一）必须脱下伪装。

关键对话

琴酒质问柯南：“工藤新一，或者说……江户川柯南？”这一台词直接表明了他对柯南的敌意和威胁。

角色关系

该集通过这一场景进一步展现了琴酒与柯南之间的对立关系，为后续剧情埋下伏笔。

总结：

琴酒用枪指着柯南的标志性情节位于《名侦探柯南》第2集，是黑衣组织与警方对抗的重要片段之一。