马云最终考上了 杭州师范学院外语系。以下是相关背景信息：

录取过程

马云在1984年第三次参加高考时，数学成绩为89分，但总分离本科线还差5分。由于英语专业招生指标未满，部分英语成绩优异者获得升本机会，他因此被杭州师范学院破格升入外语本科专业。

后续发展

- 1988年，马云从杭州师范学院外国语系英语专业毕业，获文学学士学位。

- 毕业后，他先后在杭州电子工业学院（现杭州电子科技大学）任教，并在翻译和外贸领域取得显著成就，最终创立了阿里巴巴集团。

其他争议信息说明

- 马云曾三次高考，前两次均落榜，第三次数学仅考1分，但通过破格录取实现本科阶段的学习。

- 马云并非毕业于清华大学、北京大学等顶尖高校，其本科阶段与普通高校学生无直接关联。

综上，马云的本科阶段就读于杭州师范学院，该信息在多个来源中均有提及。