根据搜索结果，开启《口袋妖怪永恒之沫3.0》第三周目的核心步骤如下：

一、完成二周目剧情任务

烟凸山山顶洞穴

完成二周目剧情后，前往烟凸山山顶的神秘洞穴，击败反派赤焰松，捕捉 比库缇尼（LV30）。

琉璃岛潜水洞穴

在琉璃岛潜水探索新增洞穴，完成水梧桐反派剧情，捕捉 玛菲娜（LV30）。

王者洞穴冥想殿堂

进入冥想殿堂完成板木反派剧情，捕捉 超梦（LV50）。

大挑战区父与子洞穴

根据父亲提供的船票，前往大挑战区完成父与子剧情，捕捉 冰龙（LV70）。

觉醒神殿时空之洞

完成二周目所有剧情后，前往觉醒神殿的时空之洞完成赤目反派剧情。注意：帕鲁奇亚、迪亚路加等三周目反派尚未出现，需等待。

二、获取三周目入口道具

从觉醒神殿顶层楼梯返回103号道路洞穴，收集四块石头道具，用于后续捕捉三周目神兽（如帕鲁奇亚、迪亚路加等）。

三、乘坐船只前往三周目

完成上述任务后，乘坐末白镇右侧的游船，即可开启三周目新区域。

注意事项：

三周目以神兽捕捉和对抗恶势力为主，部分反派需等待剧情解锁。