南京农业大学的行政级别为 副部级，具体信息如下：

办学性质

南京农业大学是教育部直属的 全日制公办本科高校，属于农林类重点大学。

行政级别

作为教育部直属高校，其行政级别为 副部级。这一结论在多个权威来源中一致提及，包括学校简介、学科评估报告及官方文件。

国家重点建设高校

学校是国家“211工程”“985优势学科创新平台”和“双一流”建设高校，学科实力突出，尤其在农业科学、植物与动物科学等领域具有国际影响力。

学科评估表现

在第五轮学科评估中，南京农业大学以5个A+学科（农业资源与环境、农林经济管理、植物保护、作物学、园艺学）和2个A学科（食品科学与工程、公共管理）的成绩，超越部分985高校，成为211高校中的佼佼者。

综上，南京农业大学既是副部级重点本科高校，又拥有顶尖的学科建设成就，综合实力强劲。