刘裕灭司马一族的原因可从以下三点综合分析：

一、政治与历史使命

消除前朝余威

司马家族在东晋时期虽已沦为士族傀儡，但其百年皇族余威仍对新兴政权构成潜在威胁。刘裕出身寒门，深知“前朝正统”对政权合法性的冲击，必须彻底铲除司马氏以巩固自身统治。

铲除门阀势力

司马家族长期掌控大权，通过“九品中正制”等手段垄断仕途，导致寒门无出头日。刘裕推行“土断”改革，将土地归还平民，以此打破门阀对政治的垄断，重塑政权根基。

二、个人权力与复仇心理

防止叛变与权力斗争

刘裕登基时年仅57岁，儿子年仅14岁，为确保皇位传承，必须清除潜在威胁。同时，司马家族若有机会东山再起，将严重威胁刘宋政权稳定。

历史清算与心理补偿

司马家族助曹丕篡汉，后自身又篡夺汉室，刘裕作为汉室后裔，出于对“汉室江山”的忠诚，将司马家族视为“篡位元凶”，通过灭族实现历史清算。

三、社会与制度因素

终结长期动乱

东晋末年“八王之乱”和“五胡乱华”导致国力衰弱，百姓对司马家族积怨已久。刘裕以“收复河山”为名，通过武力终结长期动乱，稳定社会秩序。

强化专制统治

统一后，刘裕需通过极端手段巩固权力。灭族不仅是对司马家族的惩罚，更是对其他潜在反对者的震慑，体现了其强化专制统治的决心。

综上，刘裕灭司马一族是政治权谋、历史使命与个人野心共同作用的结果，既为统一政权扫除障碍，也为其专制统治提供了保障。