在新版《还珠格格》的大结局中，晴儿确实怀有身孕。以下是相关情节的梳理：

永琪的承诺与离开

永琪在剧中因醉酒导致欣荣怀孕，他承诺两年后回宫为额娘和欣荣留下孩子，并前往大理与小燕子团聚。 欣荣最终生下儿子绵忆，永琪离开皇宫后前往大理等待小燕子。

晴儿的怀孕与假孕情节

晴儿在剧中假怀孕以掩护萧剑，两人离开皇宫寻找同伴。在第八十一集，晴儿因表演受伤伪装怀孕，萧剑误信并为其担忧。 晴儿在假孕期间与永琪相遇，但两人未明确提及婚事。剧情暗示两人有情感纠葛，但主要焦点在于永琪与小燕子的团聚。

结局走向

小燕子与永琪最终在大理重逢并结为夫妻，永琪履行了两年之约。晴儿则与萧剑成婚并育有子女。 大结局未明确提及晴儿与永琪的孩子，但暗示两人因缘未了，可能延续情感线。

综上，晴儿在剧情中确实怀孕，但这一情节与主线情感发展存在一定关联，主要借孕象推动角色成长与剧情推进。