《唐诗三百首》未收录杜牧的《清明》诗，主要原因如下：

历史收录时间差异

该诗在南宋末年谢枋得编纂的《千家诗》中被归入杜牧名下，而《唐诗三百首》成书于清朝，时间上晚于《千家诗》的编纂。

杜牧文集缺失证据

从唐代到北宋，杜牧的《樊川文集》等官方文集均未收录此诗，且冯集梧校刻的《樊川诗注》及其补遗也未载入，成为关键疑点。

学术争议与版本流传

部分学者认为该诗可能非杜牧所作，理由包括诗题与寒食节的传统关联（清明原为节气而非节日），以及宋代对清明节重视程度提升的文化背景。

《唐诗三百首》选录标准

该书主要选取易学易诵的名家名篇，可能因《清明》的流传版本较晚或存在作者争议，未被纳入其中。

综上，该诗因收录时间晚于《唐诗三百首》、杜牧文集缺失及学术争议，最终未被收录。