北京奥神队退出CBA的主要原因可归纳为以下四点：

孙悦事件引发冲突

2003-2004赛季，篮协要求奥神队将19岁后卫孙悦送入国青队集训，但奥神以孙悦伤情为由拒绝。篮协多次催促后，奥神态度强硬，最终导致篮协对其实施禁赛一年处罚。这一事件成为奥神退出的直接导火索。

长期与篮协理念不合

奥神队自成立以来，多次挑战篮协管理方式，例如为球员提供高薪合同（如终身合同）、聘请前NBA教练执教、引入美国外援陪练等，其行为被认为违背职业化规范。这种矛盾积累最终导致关系破裂。

主动放弃联赛资格

2005年，奥神以“参加海峡杯”为借口，主动撤出CBA联赛资格准入评估报告，正式放弃参赛资格。此后虽尝试通过小联赛或海外赛事维持运营，但始终未能重返CBA。

后续解散与无权回归

2013年奥神队正式解散，其后续发展未获篮协认可。即使有意向回归，也需重新注册或获得特别许可，但篮协态度冷淡，导致球队长期无法重返联赛。

综上，孙悦事件是触发点，但根本原因是奥神与篮协理念冲突及主动放弃联赛，最终走向解散。