男生说“爱自有天意”通常指爱情的发生和发展由缘分和命运决定，强调接受爱情的无常性和不可控性。具体含义可归纳如下：

缘分的不可预测性

表示爱情的出现和结果超越个人控制，强调“在对的时间、对的地方遇到对的人”是极低概率的缘分。

对命运的敬畏与接受

体现对爱情复杂性的理解，承认存在超自然力量（如吸引力、外部环境）推动感情发展，倡导顺其自然而非强求。

强调相遇的珍贵性

若双方相爱，视为“天赐良缘”，需感恩并珍惜，暗示相遇不易且可能伴随波折。

对感情无常的释然

提醒对方接受爱情可能带来的变数，如分离或遗憾，体现成熟的情感态度。

总结：

该表述既包含对美好相遇的祝福，也暗含对感情现实的理性认知，鼓励以平和心态面对爱情中的起伏。