安徽农金和药都银行不是同一机构，具体区别如下：

机构性质不同

药都银行是 农村合作银行，属于地方性金融机构；

安徽农金是 安徽省农村信用社联合社，是全省性农村合作金融机构的联合组织，属于合作制金融机构。

股权结构不同

药都银行由安徽农金系统控股，在原谯城区农村信用合作联社基础上改制而成；

安徽农金是多个农村合作银行（如药都银行）的母公司，但两者在股权结构上不存在直接从属关系。

监管机构不同

药都银行由 安徽银监局批准设立并监管；

安徽农金由 中国银保监会监管。

业务范围与服务定位

药都银行以服务“三农”（农业、农村、农民）为核心，支持地方经济；

安徽农金则通过旗下农村合作银行网络，覆盖更广泛的金融服务，业务范围更广。

总结：

药都银行是安徽农金系统旗下的一家农村合作银行，但两者在性质、股权、监管等方面存在本质差异。