《命运石之门》的动漫结局存在多个版本，具体如下：

助手结局

冈部知道为了救真由理，他必须在被他推到之前牺牲他的助手。两人感情确定后，刀助理计划返回美国。当冈部下定决心按下删除键时，助手会出现并向冈部告白。冈部跳回到beta线。

真由理结局

真由理被告知为了救自己助手就要死，然后去找了助手。最后，当助手没有出现时，冈部删除了第一封邮件。最后，在世界线上，冈部打算永远记住这个助手，并与正幸（刑铮）生活在一起。

铃木结局

冈部贤治不想抹去和大黄做朋友的记忆，也不想看到雅的死，所以做了一个8月11日到13日的无限循环。循环了一千遍，冈部的心都碎了。最后，冈部告诉铃鹿，一旦回到1975年，她就会失忆自杀。冈部和铃鹿一起登上了时光机，仅此而已。

流花子结局

冈部终于不愿意牺牲自己的记忆，最后真的被杀死在CM遇见的地方。卢卡库问冈部为什么不救她，冈部告诉了卢卡库真相。最后，刘华祖和冈部拿这个罪名活了下来，冈部也不再为难。他们结婚生子。

菲利斯结局

冈部没有为了救振宇而牺牲菲利斯的父亲，而是发了一封新邮件。世界线的变化率变为负值。

红莉栖结局

在第一季的动画中，红莉栖并没有活下来，只有Amadeus。第一季的结局一切都好却没有提到定真帆。本篇最后已经没真帆是因为世界线不同，抵达命运石之门就意味着β世界线没了。

其他结局

伦太郎再次回到过去，还原场景但保住红莉栖的性命，最终在不改变原因的情况下改变了结果，摆脱了世界线的收束，谁都没有死亡。

这些结局展示了《命运石之门》中不同角色的命运和选择，最终冈部和真由理的感情得到了确认，而其他角色也各自走向了不同的命运。