《女医明妃传》结局中，允贤与朱祁镇并未正式在一起，但两人经历生死离别后情感纠葛延续至结局。具体如下：

允贤的结局

允贤在剧中以女医身份克服重重困难，最终成为一代女国医，并在朱祁钰去世后选择离宫行医，将医术用于救治百姓，展现了独立与坚守理想的精神。

朱祁镇的结局

朱祁钰去世后，朱祁镇被迫登基为帝，为保江山社稷放弃与允贤的私情。两人虽在结局前有重逢，但因身份差异（皇帝与平民）及责任羁绊，未能修成正果。

两人关系走向

剧情中允贤对朱祁钰由好感转为失望，最终因朱祁钰去世后，朱祁镇的皇位责任使两人彻底分离。结局以开放式收场，暗示两人可能以遗憾收场。

总结：

允贤与朱祁镇在剧中未正式在一起，但共同经历生死后的情感羁绊成为剧情重要线索，结局体现两人因时代与身份限制无法走到一起的遗憾。