佐助离开木叶村时对小樱说“谢谢你”，主要源于以下原因：

对羁绊的珍视与愧疚

佐助因背负血海深仇，始终以复仇为首要目标，而小樱是唯一始终关心他、甚至愿意追随他成为叛忍的伙伴。佐助的冷漠与决绝让小樱痛苦，他通过“谢谢你”表达对小樱这份纯粹羁绊的感激与愧疚。

对小樱支持的认可

小樱曾帮助佐助隐藏大蛇丸消息，并在佐助离开时不顾危险追来。她的信任与支持成为佐助坚持复仇的重要动力，佐助因此心存感激。

情感的复杂性与矛盾

佐助对小樱既有情感羁绊，又因复仇目标而无法接受。他表面冷淡，实则因小樱的执着而动摇。说“谢谢你”既是对小樱的尊重，也是对自身情感的无奈妥协。

为未来可能的重逢保留空间

佐助的“谢谢”可能隐含对未来和解的期待。他在战结束后对小樱表达了歉意，表明“谢谢”并非绝情，而是为未来情感释放的伏笔。

综上，这句话是佐助对小樱复杂情感的集中体现，既包含感激与愧疚，也暗含对羁绊的珍视与对未来的期许。