根据现有信息，上海游戏米果停止运营的主要原因可能与以下因素相关：

经营压力与资产保护

2008年有消息称公司因经营问题申请资产保护，但具体原因未明确说明。此事件可能暴露了公司资金链紧张或运营策略调整的问题。

舆论事件影响

2008年员工“封杀令”事件导致公司面临舆论压力，最终以赔偿员工8000元告终。此类内部矛盾可能削弱了公司运营的稳定性和外部信任。

产品运营状况

米果旗下运营的游戏如《如来神掌》《真封神》等长期未获得市场认可，部分游戏处于测试阶段未正式上线。产品线单一且缺乏爆款支撑，导致收入持续低迷。

行业竞争加剧

随着《王者荣耀》《和平精英》等头部游戏的崛起，中小游戏公司面临巨大竞争压力。米果可能因无法适应市场变化而逐渐被淘汰。

综上，米果停止运营是多重因素共同作用的结果，包括内部管理问题、产品竞争力不足以及行业环境变化等。