根据您的问题，系统显示存在税款可能由以下原因导致，需结合具体情况分析：

一、企业类型与税种匹配问题

个人独资企业纳税身份混淆

搜索结果1提到个人独资企业通常只需缴纳增值税，不属于企业所得税纳税义务人。若系统显示有企业所得税，可能是企业类型登记错误或税务机关分类失误，建议通过税务局核实。

二、申报或系统显示异常

申报数据错误

若企业实际未发生应税行为或已履行纳税义务，可能是申报时数据输入错误，需检查财务报表和纳税申报表的准确性。

系统默认或操作失误

部分情况下，系统可能因默认设置或操作不当显示错误税款。例如增值税发票可能错误标注了税额，实际应为财政补贴性质。

三、特殊业务或政策因素

财政补贴或免税项目

若涉及图书发票等特殊业务，标注的税额可能属于国家财政补贴，购买者无需实际缴纳税款。

建议处理步骤

核对企业信息

确认企业类型、经营范围与税务登记信息一致，必要时联系税务局核查。

检查申报数据

仔细比对财务报表、纳税申报表与原始凭证，查找数据差异并修正。

咨询税务机关

若问题无法自行解决，可通过12366热线或税务局大厅核实系统显示错误。

关注政策细则

部分特殊业务（如财政补贴）需符合特定条件，需确认是否适用相关税收优惠政策。

若涉及多税种混淆，建议优先联系主管税务机关（如税务局大厅或12366）获取专业指导，避免因信息误差导致进一步税务风险。