关于使用PE格式制作系统启动盘时文件格式的选择，以下是综合说明：

一、推荐使用FAT32格式

兼容性优势

FAT32格式具有极佳的兼容性，能够确保在Windows PE环境中稳定运行，避免因文件系统不兼容导致的崩溃。

文件大小限制

FAT32不支持单个文件超过4GB，而系统文件通常体积较大（如Windows内核文件），直接使用NTFS格式会导致文件无法写入。

修改灵活性

若需后续将FAT32格式转换为NTFS（例如通过命令提示符执行`convert.exe /FS:FAT32 C:\windows /FS:NTFS`），不会影响启动盘的正常启动。

二、注意事项

避免使用NTFS：

直接在启动盘使用NTFS格式可能导致系统无法识别或启动失败，即使文件大小在NTFS支持范围内。

系统文件大小：若系统文件确实超过4GB，需使用大容量存储设备或特殊工具处理超大文件。

综上，制作PE系统启动盘时， FAT32格式是更稳妥的选择，既能保证兼容性，又能避免因文件系统限制引发的问题。