根据搜索结果，以下收银系统在结算时不会直接扣除费用（即费率较低或无额外收费）：

一、主流支付平台类

支付宝收银系统

支持支付宝、微信支付、银行卡等多种支付方式，提供支付通道服务，但自身不收取交易手续费。

微信收银系统

与支付宝类似，集成微信支付功能，仅作为支付渠道，无额外收费。

美团收银系统

专为餐饮行业设计，支持多种支付方式，并整合美团外卖平台订单，费率较低且操作简单。

二、综合类收银系统

哗啦啦收银系统

提供进销存、财务、客户管理等全链条管理功能，支持多终端操作，但需付费购买许可证。

倍效店务收银系统

专注服务业态，支持卡券、优惠券等营销功能，提供免费基础版和付费高级版，基础版可满足中小微商户需求。

三、其他推荐系统

饿了么/微生活收银系统：

与外卖平台对接，支持订单自动接收，但需注意是否为官方合作推广的免费版本。

客如云智享版：整合抖音、饿了么、美团等平台，通过SaaS模式降低运营成本，但需付费订阅。

注意事项

费率差异：部分系统（如支付宝、微信）对小额交易免费，但大额交易可能按比例收取手续费。

功能限制：免费版本通常功能有限，建议根据业务需求选择合适版本，避免影响运营效率。

安全性：优先选择支持多终端、数据加密的系统，降低收银漏洞风险。

建议根据商家规模、交易量及功能需求综合评估，优先尝试支付宝、微信等成熟平台的免费服务，再根据实际情况升级其他系统。