论文查重系统通常支持多种文件格式，以满足不同用户的需求。在选择论文查重系统时，可以考虑以下因素：

系统支持的格式

中国知网：支持doc, docx, wps, caj, txt, pdf, kdh, nh, rtf等多种格式。

Turnitin：国际学术论文查重，通常支持多种常见文档格式。

PaperPass和 维普查重：适合初稿检测，支持Word格式。

查重准确性

中国知网：以字词的相似比率进行判定，并具备语义分析能力，查重结果较为准确。

Turnitin：通过分析文本的相似度来检测抄袭，结果也较为权威。

PaperPass和 维普查重：适合初稿检测，价格相对较低。

使用便捷性

中国知网：需要上传论文到其官方网站，系统会自动识别并处理上传的文档。

Turnitin：通常需要将论文上传到其在线平台，系统会处理并返回查重结果。

PaperPass和 维普查重：提供在线上传和查重服务，操作简便。

价格

中国知网：价格较贵，但查重结果权威。

Turnitin：价格因使用场景和需求而异，通常较高。

PaperPass和 维普查重：价格相对实惠，适合初稿检测。

建议

Word格式：如果学校没有特别要求，建议使用Word格式进行查重，因为这种格式在查重系统中被识别得最好。

PDF格式：如果学校要求使用PDF格式，则必须使用PDF格式上传，但需要注意PDF格式可能会导致页眉页脚（脚注）被误判为重复内容。

提前查重：在提交论文前，可以先使用知网或其他查重系统进行初稿检测，根据查重结果进行修改，然后再使用学校指定的查重系统进行最终检测，以确保查重结果与学校一致。

综上所述，选择合适的论文查重系统应根据学校要求、查重准确性、使用便捷性和价格等因素综合考虑。