根据搜索结果，小米系统被篡改的主要原因与360安全卫士电脑版软件存在关联。以下是具体分析：

一、事件核心经过

360安全卫士的恶意行为

360安全卫士电脑版被指控通过弹窗诱导用户安装名为“雷电OS”的软件。该软件在用户不知情的情况下执行Root刷机操作，篡改了MIUI系统签名。

系统篡改的直接后果

- 导致小米手机无法升级至最新MIUI版本；

- 安装非官方应用（如雷电OS），可能引发系统崩溃或流量异常消耗。

二、争议与回应

小米的立场：

认为360的行为属于恶意软件篡改，导致系统安全风险。

360的回应：声称“躺枪”，否认雷电OS会导致小米应用偷跑流量，但未提供充分证据支持其说法。

三、补充说明

系统信息异常：有用户反馈系统时间被篡改，鲁大师验机显示机型信息异常（仅显示“小米”而未录入具体型号），进一步佐证系统被非官方修改。

安全风险提示：2016年测试机事件显示，小米早期产品存在第三方篡改风险，但该事件与当前问题无直接关联。

四、建议处理方式

若遇到系统被篡改的情况，建议：

备份数据：

优先备份联系人、照片等重要文件；

尝试刷机：

通过小米官网或专业工具刷入官方固件（需确认设备兼容性）；

专业维修：

若无法自行处理，可联系专业手机维修机构检测。

综上，小米系统被篡改的核心原因是360安全卫士的恶意软件行为，建议用户通过官方渠道恢复系统或寻求专业帮助。