富士康作为全球领先的代工厂，参与过多种手机系统的代工生产，具体涉及以下系统：

Android系统

富士康曾与台湾大哥大联合推出过搭载Android 4.1系统的A5智能手机，该机型以1GHz双核处理器和500万像素摄像头为特点，计划于2013年6月12日上市。

iOS系统

富士康是苹果iPhone的主要代工厂，生产包括iPhone 12系列在内的多款产品，采用苹果自研的iOS操作系统。

火狐OS系统

富士康与Mozilla合作推出基于火狐OS的智能手机，该系统基于Linux内核，支持HTML5应用开发，主要面向中低端市场，尤其是巴西等发展中国家。Mozilla计划通过该系统绕过谷歌和苹果的生态垄断。

补充说明

富士康代工的手机可能因配置、市场定位不同而采用不同系统。例如，所谓的“富士康版苹果手机”通常指代工生产但未预装iOS系统的设备，这类设备可能用于测试或特殊渠道销售。