建站系统存在以下缺点：

功能有限：

自助建站系统提供的模板和功能模块通常较为固定，用户无法进行深度定制或二次开发，难以满足复杂业务需求。

个性化不足：

由于模板的相似性高，使用自助建站系统创建的站点容易与其他网站雷同，缺乏独特性，难以吸引用户并脱颖而出。

隐私和安全风险：

在自助建站平台上，企业需要上传包括营业执照和身份证信息等敏感数据，存在隐私泄露的风险。

SEO优化困难：

自助建站系统由于使用统一的平台程序，不利于搜索引擎优化（SEO），因为搜索引擎更青睐独立且结构独特的站点。

管理风险：

模板建站通常托管在服务商的服务器上，一旦服务商出现问题，用户网站也会面临风险。

缺乏后续服务：

自助建站平台通常只提供基本的服务，如更新提醒，缺乏专业的售后服务和技术支持。

成本控制问题：

虽然自助建站初期投入较低，但长期来看，由于缺乏自主控制和灵活性，可能会导致更高的总体成本。

技术门槛：

开源建站虽然提供了更高的自由度，但需要用户具备一定的技术知识和维护能力，对新手不友好。

数据迁移困难：

使用自助建站系统时，数据往往难以迁移至其他平台，限制了企业的灵活性。

网站性能和维护：

自助建站系统可能无法提供专业的网站性能优化和维护服务，影响网站的稳定性和用户体验。

根据以上缺点，企业在选择建站系统时应根据自身需求和实际情况进行权衡，选择最适合自己的方案。对于需要高度个性化、安全性和可扩展性的企业，可能需要考虑专业的定制建站服务。