智慧交通系统尽管带来了许多便利，但也存在一些明显的缺点。以下是一些主要的缺点：

数据安全问题：

智慧交通系统在收集、处理和传输数据的过程中，可能存在数据泄露的风险，导致个人信息和敏感信息的泄露。此外，系统在数据安全保护方面可能存在不足，容易受到黑客攻击和网络威胁。

系统稳定性不足：

智慧交通系统在运行过程中经常出现故障，影响交通的正常运行。系统故障频繁，不仅影响效率，还可能导致交通拥堵和事故。

缺乏统一标准：

由于缺乏统一的标准，不同地区、不同部门之间的智慧交通系统难以实现信息共享和协同工作。这导致了资源浪费和重复建设的情况，同时也影响了系统的运行效率。

非动态信息采集：

现有的智能交通系统信息采集手段单一，且主要集中在路口等路网主节点，难以全面、有效地收集交通系统中的各种信息，无法动态地、准确地反映交通系统的状态。

非全局性信息整合：

不同系统采集的信息不能互通，设备间接口不开放，导致交通状况的分析和判断无法有效利用独立系统间的交通信息，可能造成系统或功能的重复建设和数据信息的重复采集。

非自动化水平低：

当前的智能交通系统运行和决策需要大量的人工参与、干预和判别，智能化和自动化水平较低，难以满足现代城市对智能交通的迫切需求。

基础设施和管理设施不完善：

智能交通系统的发展没有完善优化的交通基础设施和交通管理设施的支撑，导致部分已建的系统难以发挥全部功能。

人才体系缺乏：

各地缺乏与智能交通系统建设及运行相匹配的人才体系，使得投资建设的系统软硬件无法发挥应有的作用，往往处于闲置浪费或低水平运行的状态。

信息孤岛问题：

公安智能交通系统与企业管理信息系统不能互连，信息难以共享，形成多个封闭的信息孤岛，导致交通大数据被割据为一个个小数据。

数据理解和利用不足：

尽管有大量数据，但由于缺乏科学的分析和解读，数据利用率严重不足，难以产生更全面和更深刻的理解。

资源整合和协调难度大：

在经济全球化、区域一体化、社会信息化的背景下，各类风险跨界性、关联性增强，但数据整合存在难度，难以实现一体化，制约了数据的有效利用和长远发展。

识别系统问题：

例如，智能交通违章识别系统存在识别率不到100%的问题，对于无车牌或车牌严重破损的车辆，需要另外的管理机制，否则可能导致“停车免单”等现象。

综合来看，智慧交通系统在数据安全、系统稳定性、标准统一、信息采集、数据整合、自动化水平、基础设施、人才体系、信息孤岛、数据利用和系统识别等方面存在诸多不足。要解决这些问题，需要从技术、管理、标准和人才等多个方面进行改进和优化。