魅族MX4搭载的操作系统存在不同版本，具体如下：

基于Android 4.4的Flyme 4.0系统

MX4最初发布的版本采用基于Android 4.4的Flyme 4.0系统，界面设计延续了魅族一贯的扁平化风格，重绘了1000+应用图标、500+网站图标等，但存在以下问题：

- 未适配屏幕增大后的布局问题，导致部分应用显示异常。

基于YunOS 3.0的云服务版本

魅族与阿里巴巴合作推出过基于YunOS 3.0的云服务版本，该版本整合了Flyme UI与YunOS功能，例如：

- 支持CloudCard卡片式桌面，整合邮件、日历等应用入口。 - 提供云端备份、多设备互联等云服务功能。 - 但该版本未获得官方正式认证，属于第三方定制版本。

总结：

原版MX4（2014年发布）主要使用Flyme 4.0（基于Android 4.4），存在适配问题。- 部分第三方版本可能搭载YunOS 3.0，但非官方原生系统，具体功能差异需参考用户反馈。- 建议通过官方渠道获取固件，或尝试通用版固件以提升稳定性。