魅蓝5s搭载的是基于安卓5.1进行深度定制和优化的 Flyme系统。该系统经过深度定制和优化，提供了非常高的流畅度和许多人性化的设计，能够给用户带来更好的体验。魅蓝5s的版本分为“全网通公开版”和“全网通移动定制版”，均支持中国移动、联通、电信的2G、3G和4G网络，并支持双卡盲插，但不支持双电信卡。

尽管有信息称魅蓝5s的出厂系统版本为Flyme 5.2.13.0A，且适配了安卓6.0操作系统，但最新的可靠信息表明，魅蓝5s当前使用系统版本为Flyme 6.3.5.0A。

因此，综合以上信息，魅蓝5s主要搭载的是基于安卓5.1深度定制的Flyme系统，并且有信息称该机型已更新至Flyme 6.3.5.0A版本。建议用户确认自己的魅蓝5s具体版本，以获取最准确的信息。