小米13搭载的是MIUI14操作系统。MIUI14是小米公司推出的操作系统，于2023年3月4日发布，并预装在小米13手机上。MIUI14以其精简流畅的体验和丰富的功能受到用户的欢迎。系统不仅精简了存储空间，还允许用户删除更多的预装应用程序，仅保留电话、短信、联系人、文件管理、系统设置、应用商店、浏览器以及相机这8个基础应用无法删除，其他应用均可删除，从而为用户带来更清爽的系统体验。此外，MIUI14还支持多种智能设备连接和隐私保护功能，如人脸验证防护、隐私水印以及电诈防护等。