冻干机系统主要由以下几个部分组成：

真空系统

包括冻干箱、冷凝器、管道、阀门和真空泵等部件。真空系统的作用是抽出物质中的空气和水蒸气，防止其在低温下重新凝结，从而保证冻干过程的顺利进行。

制冷系统

由冷冻机、冷凝器、膨胀阀和蒸发器（如硅油板式蒸发器、冷阱盘管蒸发器）等部件组成。制冷系统的主要任务是将含有大量水分的物质冷却到极低的温度，使其内部的水分直接转化为固态冰晶。

加热系统

加热系统用于在物质被冻结后，将其温度升高到预设的干燥温度，使其中的水分蒸发出去。加热方式可以采用直接电加热或中间介质加热，并通过循环泵使加热介质不断循环。

控制系统

控制系统由各种控制开关、指示调节仪表及一些自动装置组成，负责控制冻干机的正常运行和工艺设定。自动化程度较高的冻干机通常配备较为复杂的控制系统。

其他辅助系统

根据不同的冻干机型号和用途，还可能包括液压系统、清洗系统（CIP）、灭菌系统（SIP）、化霜系统等辅助系统，用于在冻干过程的不同阶段进行瓶塞压入、清洗、灭菌和化霜等操作。

这些系统共同协作，完成冻干过程，确保产品能够在不破坏其原有特性的前提下，去除水分，实现长期保存。