安装系统时， 主要使用FAT32和NTFS两种文件系统格式。具体选择哪种格式取决于用户的操作系统和需求。

FAT32格式

兼容性：FAT32是一种广泛兼容的文件系统，支持大多数操作系统和设备，包括Windows 95/98/Me、Windows NT/2000/2003以及早期的Windows XP。

优点：兼容性好，能够支持大文件（最大4GB），适用于需要跨系统传输文件的场合。

缺点：安全性较低，不支持文件权限和长文件名，且容易产生碎片。

NTFS格式

安全性：NTFS提供了更好的安全性，支持文件权限和长文件名，适合存储重要数据。

优点：支持大硬盘和多个硬盘上的文件存储（称为卷），提供数据保护和恢复功能，适合Windows NT及其后续版本（如Windows 2000、Windows XP、Windows Server 2003、Windows Server 2008、Windows Vista和Windows 7）。

缺点：兼容性较差，某些旧系统可能无法识别NTFS格式。

建议

对于Windows 95/98/Me：建议使用FAT32格式。

对于Windows NT/2000/2003：建议使用NTFS格式。

对于Windows XP：建议使用NTFS格式，如果需要跨系统传输文件，可以考虑使用FAT32格式。

对于Windows 7及以上版本：必须使用NTFS格式，以确保最佳的数据完整性和安全性。

根据以上信息，用户可以根据自己的操作系统和需求选择合适的文件系统格式进行系统安装。