飞利浦手机使用的操作系统主要有以下几种：

Windows CE系统 ：飞利浦早期的一些手机使用微软开发的Windows CE系统，具有类似Windows的操作界面，可以安装和卸载软件。

Linux系统：

飞利浦968是飞利浦首款采用Linux系统的智能手机，具有强大的功能和适中的价格。

Android系统

飞利浦S316搭载了接近原生的Android 4.4.4系统。

飞利浦I999搭载的是Android 4.4.3版本的操作系统。

飞利浦S399搭载的是Android 4.3智能系统。

飞利浦Freely UI系统基于Android 6.0进行轻量级定制。

飞利浦V808采用的是基于Linux内核的OMS系统。

YunOS系统：

飞利浦极光手机运行的是YunOS 3.0系统。

综上所述，飞利浦手机主要使用Windows CE、Linux、Android和YunOS等操作系统，不同型号的手机根据市场定位和发布时间采用了不同的系统。