内部化理论在解释跨国公司对外直接投资（FDI）行为时存在以下局限性：

忽视外部经济环境

理论仅从企业内部决策出发，未充分考虑市场结构、国际竞争力等外部因素，导致对交易内部化为何必须跨国界而无法在国内实现缺乏合理解释。

适用范围有限

- 无法解释横向一体化、无关多样化等非垂直一体化的跨国扩展行为；

- 不适用于分析小型企业的短期投资活动或资源开发型投资。

缺乏对垄断资本特性的解释

理论未充分体现跨国公司作为垄断资本的特性，例如日本综合商社通过FDI实现资源整合和风险规避的行为，无法仅用内部化动机解释。

忽视政策与市场不完全性

理论未考虑国家政策干预、市场不完全性等外部因素，导致分析存在片面性。

无法解释投资方向与动态性

理论框架难以说明对外直接投资的具体方向，且对动态变化的跨国公司行为解释不足。

综上，内部化理论虽为解释FDI的重要框架，但需结合外部环境、企业特性及政策因素综合分析。