《命运石之门》的主要时间线结局如下：

阿尔法线

钟羽结局：凶真和钟羽一起回到了1975年。

琉球与中国的终结

甄珍结局：甄珍从内部死亡，带着愧疚与琉球和中国一起生活，结婚生子。

菲利斯线

菲利斯结局：菲利斯的父亲没有死，但凶手在这条线，他和除了菲利斯之外的其他人失去了联系，变得凶狠的唯一方法就是和菲利斯一起生活。

真结局

冈部到达β线后，和这条线的铃羽会面。铃羽将未来冈部提出的作战告知他，让他坐时间机器回到7.28救助手。第一次回去的时候，冈部因误杀助手而绝望。跳回8月后在真由理的开导下重新振作，同时看到了未来的自己发来的D-mail，里面说明正是误杀一次助手才让他有了誓死拯救助手的决意。未来的冈部提出了“欺骗过去的自己，欺骗世界”的主张，让冈部弄昏助手后用假血掩饰，使得7.28的冈部以为助手已死。结果到达7.28后冈部发现假血无法使用，最后他站出来挑衅助手她爸，被捅了一刀。把助手她爸吓走后，击昏助手，用自己的血伪造血泊。然后铃羽把重伤的冈部带走，回到原来的时间点。铃羽在真结局世界线还未出生所以消失。冈部住院几个月后，在秋叶原的街道与前来向他道谢的助手重逢。

助手结局

冈部知道拯救真由理必须牺牲助手之后非常犹豫，被助手推了一把。二人确认感情，助手按计划回美国。冈部跳回β线。

椎名真由理结局

真由理结局：真由理被告知为了救自己的助手将会死去，然后去找助手最后，当助手没有出现时，冈部删除了第一封邮件。最后，在世界线上，冈部打算永远记住这个助手，并与正幸住在一起。

其他支线结局

阿万音玲羽结局：不可逆转的重启。

漆原琉华结局：背德与重生的连接。

牧濑红莉栖结局：伦太郎再次回到过去，还原场景但保住红莉栖的性命，最终在不改变原因的情况下改变了结果，摆脱了世界线的收束，谁都没有死亡。

这些结局涵盖了主要角色的命运和故事的不同走向，玩家可以根据自己的选择体验不同的故事结局。