牧濑红莉栖的最终结局如下：

在“无限远点的牵牛星”线中，真由理和铃羽成功返回，Rounder萌郁杀了头盔女，凶真对教授发表胜利宣言，进入ED。

在“盟誓的再生”线中，红莉栖成功消除篝拥有的红莉栖的记忆，冈部在2036年体验到地狱，在未来和桶子等人重逢，琉华死亡，经过3000次时间跳跃回到2011年，铃羽一拳把冈部打回中二病，为了消除Amadeus红莉栖而奋斗，最终红莉栖消除成功，由季不是坏人，レイエス教授活尸化发送D-Rine（D-Mail升级版）→进入ED。

在“存在证明的自动机”线中，真帆牢记与红莉栖的约定带着PC回国，萌郁保住性命。

在“相互再归的童谣”线中，篝的记忆被真由里的歌唤醒，为真由里祖母扫墓之后回想起全部记忆，最终篝代替真由里乘坐时间机器回到过去，铃羽一起出发→进入ED。

在“交叉坐标的星尘”线中，一切准备就绪，命运石之门必定存在!!!。

这些结局展示了红莉栖在不同世界线中的命运和选择，最终她都以不同的方式得到了幸福或解脱。