根据搜索结果，系统改造项目开具发票的类型和税率需根据具体业务性质和纳税人类型进行区分，具体如下：

一、发票类型选择

建筑服务发票

若系统改造属于建筑或工程类项目，应开具 建筑服务发票，税率为 9%。例如机房改造、空调系统安装等明确属于此类服务。

加工修理修配劳务发票

若属于设备维修、安装等加工修理类服务，可开具 加工修理修配劳务发票，税率为 3%（小规模纳税人）或 13%（一般纳税人）。

其他发票类型

增值税专用发票：适用于企业间交易，尤其是涉及合同、运输等环节；

增值税普通发票：适用于一般服务类交易，如咨询、设计等；

代扣代缴发票：适用于代收代缴税款场景。

二、注意事项

合同条款匹配：

发票内容需与合同条款一致，如工程类发票需注明“工程服务”或“建筑服务”类别；

纳税人身份：一般纳税人适用13%税率，小规模纳税人适用3%征收率（2025年现行政策）；

明细规范：可增加服务明细（如系统改造具体内容）以增强票据规范性。

建议根据项目性质咨询税务机关或专业机构，确保发票类型和税率符合最新财税要求。