人防系统属于国防部门的重要组成部分，其管理涉及多个层级和部门，具体如下：

一、管理主体

中央层面

由国务院、中央军事委员会联合领导全国人民防空工作。中央人民防空办公室（国家人民防空办公室）是国务院的组成部门，负责全国人民防空政策的制定、规划编制及监督检查。

地方层面

各省、市、县均设有人防办公室或部门，受同级人民政府和军事机关双重领导。这些机构负责本行政区域内的人民防空建设、管理及应急响应工作。

二、主要管理部门

国家人民防空办公室

承担全国人民防空工作的综合管理职责，包括法律法规实施监督、防护标准制定、重点城市防护规划等。

地方人民防空办公室

负责具体区域的防空工程管理、平时开发利用、防空教育及应急演练等工作，与公安、交通、气象等部门协同配合。

三、相关协作部门

中央国家机关人民防空主管部门：

管理中央国家机关的防空事务。

建设行政主管部门和规划部门：负责人民防空工程的规划、建设及质量监督。

军事机关：协同指导战时防空任务及部分平时管理职能。

四、法律依据

《中华人民共和国人民防空法》明确指出，人民防空工作由国务院、中央军事委员会领导，各级人民防空主管部门负责具体实施。

综上，人防系统是一个覆盖中央到地方、军地协同的综合性国防体系，其管理主体为国防部门，具体执行机构包括国家及地方人民防空办公室，同时需多部门协作配合。