系统改造的会计科目选择需根据改造性质和金额大小进行判断，具体如下：

一、计入固定资产科目

当系统改造涉及对固定资产（如计算机设备、网络设备等）的实质性改进或技术升级，且改造后资产的使用寿命、性能或形态发生显著变化时，改造费用应计入固定资产科目。

示例：企业对生产设备进行自动化升级，改造后设备性能提升且使用寿命延长，此时改造费用应资本化计入固定资产。

二、计入在建工程科目

若系统改造属于企业固定资产的新建、改建、扩建或技术改造等尚未完工的工程支出，则应先计入“在建工程”科目，改造完成后转入固定资产。

示例：企业对办公系统进行升级改造，改造期间设备仍需使用，此时费用应计入在建工程。

三、计入长期待摊费用科目

对于金额较大且不能直接计入固定资产的改造费用，可能需要在合理期限内分期摊销，此时应计入“长期待摊费用”科目。

示例：企业对厂房进行大规模装修，装修费用较高且摊销期限较长，适合资本化后分期摊销。

四、费用化处理

若系统改造属于日常维护或低价值改进（如软件补丁安装），且不改变资产原有形态或性能，则应直接计入当期损益（如管理费用）。

示例：企业为办公系统安装常规补丁，费用较小且不影响系统使用效能，应费用化处理。

总结

| 改造性质 | 记入科目 | 特点 |

|------------------------------|------------------------|----------------------------------------------------------------------|

| 实质性改进/升级 | 固定资产 | 改造后资产形态或性能显著变化 |

| 新建/改建/扩建工程 | 在建工程 | 工程未完工但未来会形成固定资产 |

| 大额且需分期摊销 | 长期待摊费用 | 资本化支出，分期计入费用 |

| 日常维护或低价值改进 | 费用化（管理费用等） | 不改变资产原有形态或性能 |

建议根据具体业务场景判断改造性质，并参考企业会计准则或咨询专业会计师确定最终处理方式。