系统农业是一个综合性的物质生产体系，包含以下主要部门：

种植业

涵盖农作物种植、园艺、设施农业等，是农业系统的基础部分，提供粮食、蔬菜、水果等农产品。

林业

包括木材生产、林产品加工及生态服务功能，涉及森林培育、木材采伐与森林资源管理。

牧业

涉及家畜养殖（如牛、羊、猪等）和家禽养殖，提供肉类、奶类及皮革等产品。

渔业

包括淡水养殖（如鱼类、虾类）和海水养殖，是重要的蛋白质来源。

副业

指农业生产中的辅助性活动，如农产品加工、农村手工业等，补充了农业系统的功能。

补充说明

农业系统还包含农村经济、农业技术、农业政策等社会经济要素，但上述五个部门是构成农业系统的核心物质生产部分。系统农业强调各部门间的物质流、能量流和信息流的有机结合，形成协同效应。