根据搜索结果，苹果iPhone SE（1代）最适合的系统版本为 iOS 12，以下是具体分析：

一、系统版本适配性

最高支持版本

iPhone SE（1代）原生支持iOS 12，这是该机型能升级到的最高版本。后续系统（如iOS 13及以上）将不再为旧机型提供优化，可能导致性能下降和电池损耗加剧。

系统优化表现

iOS 12针对iPhone SE的A9芯片进行了深度优化，兼顾流畅性和续航表现。其省电机制能有效延长设备使用时间，且系统资源管理更高效。

二、系统版本对比建议

| 版本 | 优势 | 不足 |

|------------|-------------------------------|-------------------------------|

| iOS 12| 流畅性、续航优化显著，原生适配性强 | 无NFC功能，无法升级至iOS 13及以上 |

| iOS 13| 新功能丰富（如深色模式、AR体验） | 降频导致卡顿，续航明显下降 |

| iOS 9 | 原生系统性能最佳 | 功能较少，缺乏系统级优化 |

三、其他注意事项

降频问题：

iPhone SE（1代）采用A9芯片，系统迭代后可能因降频导致性能下降，但iOS 12通过优化缓解了这一问题。

NFC功能：若需使用NFC功能，需选择iOS 13及以上版本，但会牺牲部分流畅性和续航。

综上， iOS 12是iPhone SE（1代）的最佳系统选择，既能保证流畅体验，又能兼顾续航需求。