系统机理是指为实现特定功能，系统内部各要素通过相互作用形成的运行规则和原理。其内涵可以从以下两方面理解：

结构与运行规则

机制强调系统各要素（如物理部件、化学物质、生物细胞等）在特定环境条件下的内在工作方式，以及这些要素之间的相互联系和作用路径。例如，机械系统的齿轮传动机制描述了齿轮如何通过啮合实现动力传递；生物体内的代谢机制则解释了细胞如何通过酶促反应转化物质。

变化规律与控制原理

机制还涉及系统变化的原因和过程，包括形成要素（如初始条件、能量输入）与要素间关系（如反馈机制、非线性关系）的综合作用。例如，气候系统的变化机制会分析温度、湿度等要素如何相互作用导致气候波动。

与“原理”的区别

原理通常指普遍规律（如牛顿定律、热力学定律），具有抽象性和普适性；

机制更侧重具体系统中的特殊运行规则，强调条件依赖性和动态过程。

应用领域

机理研究广泛应用于工程、医学、生态学等领域。例如，在药物设计中，通过解析分子作用机制优化药物结构；在环境科学中，利用生态机制评估污染扩散路径。