关于苹果iPhone SE的最佳系统版本，需结合硬件性能、系统优化及用户需求综合判断。以下是关键分析：

一、硬件性能与系统适配性

A9处理器兼容性

iPhone SE搭载A9处理器，该芯片可完美支持iOS 9至iOS 14系统，无需担心兼容性问题。

系统优化差异

- iOS 12：

针对旧机型进行了深度优化，流畅性和省电表现更佳，且支持5G网络。

- iOS 11：功能丰富，但部分功能（如深色模式、M1芯片优化）在SE上表现一般。

- iOS 9/10：原生系统流畅性较好，但缺乏新特性，且续航表现一般。

二、续航与功能权衡

iOS 12的续航表现

通过系统级优化，iOS 12在SE上的续航能力接近原生9系统，实际使用中电池消耗更低。

原生系统的局限性

- iOS 9：流畅性最佳，但缺乏新功能，且系统资源未针对旧机型优化。

- 升级至更高版本（如iOS 14）可能因硬件限制出现卡顿或功能限制。

三、用户需求建议

追求流畅与省电

优先选择iOS 12，兼顾性能与能效。

功能优先

若需使用新功能（如深色模式、Face ID），可升级至iOS 13或更高版本，但需注意系统兼容性。

系统偏好

原生9系统流畅性最佳，但功能较少，适合对系统资源要求严格的用户。

四、总结

综合来看， iOS 12是iPhone SE的最佳系统版本，尤其适合注重流畅性、省电且不需要最新功能的用户。若追求极致性能且能接受轻微功能差异，原生9系统也是合理选择。