根据搜索结果，iPhone SE（1代）的最佳系统版本选择需结合硬件性能、系统优化及使用需求综合判断，具体分析如下：

一、硬件性能与系统适配性

芯片与内存限制

iPhone SE（1代）搭载A9双核处理器，2GB运行内存，属于较旧机型。系统更新至iOS 13后，苹果会降低芯片频率以延长电池寿命，导致性能下降和卡顿风险增加。

系统优化差异

- iOS 12：

针对旧机型进行了深度优化，流畅性和续航表现最佳，且系统资源占用较低。

- iOS 13及更高版本：虽然功能更丰富，但会因系统降频导致性能减弱，且无法降级回低版本。

二、使用体验建议

优先选择iOS 12

若追求极致流畅性和低功耗，iOS 12是最佳选择。该版本在A9芯片上表现优异，且系统资源管理更高效。

系统升级注意事项

- 若设备预装iOS 13，需接受降频和电池损耗，且无法降级回iOS 12。

- 升级iOS 14.2等最新版本可能获得微小优化，但性能提升有限，且系统占用内存更多。

三、其他版本对比

iOS 10/11：

流畅性尚可，但功能较少，且存在已知问题（如64GB设备运行缓慢）。

iOS 15/16：仅适用于iPhone 13及以上机型，SE无法升级。

四、总结

综合来看， iOS 12是iPhone SE（1代）最合适的系统版本，能在流畅性、续航和资源占用之间取得平衡。若设备预装iOS 13，建议根据实际使用需求权衡是否升级。