社保系统显示三险的原因主要有以下几点：

险种缴纳与查询方式的差异

养老保险、医疗保险和失业保险通常由社保局负责管理，而工伤保险和生育保险可能由医保局或其他相关部门负责管理。因此，在仅通过社保局的查询渠道进行查询时，可能只能看到前三项保险的缴纳情况。

缴费主体的不同

养老保险、医疗保险和失业保险的缴纳是由职工个人和单位共同承担的，即个人需要从每月工资中按一定比例扣除相应费用，并与单位缴纳的部分合并后纳入社保基金。而工伤保险和生育保险的缴纳则完全由单位承担，个人无需缴纳。因此，在工资单或个人社保查询记录中，可能只显示了个人需要缴纳的三险部分，而工伤保险和生育保险则未明确列出。

查询渠道的限制

查询渠道的限制也是导致只看到三险的原因之一。有些查询渠道可能不支持查询工伤保险和生育保险的缴费情况，因此只能显示个人需要缴纳的三险部分。

社保信息更新与记录延迟

社保信息系统记录和更新可能存在延迟，导致查询结果不全面。

社保账户管理和查询系统差异

不同地区的社保账户管理和查询系统可能有所区别，影响查询结果的完整性。

政策与管理因素

不同地区的政策和管理规定可能导致五险中某些险种未被显示。例如，有些省份可能有特定的政策或规定，影响了社保的显示内容。此外，公司内部的管理和操作也可能导致社保信息不完整。

综上所述，社保系统显示三险主要是由于险种缴纳与查询方式的差异、缴费主体的不同、查询渠道的限制、社保信息更新与记录延迟、社保账户管理和查询系统的差异以及政策与管理因素等多种原因共同作用的结果。如果需要查询完整的五险信息，建议通过多种渠道进行查询或咨询当地社保部门。