新华书店使用的系统包括以下几种：

新华书店搜书系统1.12加强版：

这是一个手动、半自动和全自动的系统，并且自带分级功能，但存在一些bug。

企业进销存系统：

新华书店总店从1998年开始实施这个系统，以应对高要求的信息系统，替换了之前严重老化的系统。

新华书店电脑版：

由新华书店官方推出的网上书店购物软件，支持Windows操作系统，提供书籍资源搜索、收藏、在线试读等功能。

NVS图书管理系统：

北京市新华书店使用的一套图书管理系统，价格昂贵，一般小书店难以承担。

晴川图书管理软件：

这是一家专业做书店业务的软件公司，新华书店是其重要客户之一。

OA协同办公系统：

甘肃省新华书店使用的办公系统，用于提高工作效率和协同办公。

其他可能的系统：

根据一些信息，新华书店还可能使用其他一些图书管理系统或数据库管理系统（DBMS），如关系型数据库管理系统（RDBMS）或非关系型数据库管理系统（NoSQL）。

综上所述，新华书店使用的系统种类较多，既有自行开发的系统，也有购买的商业软件，还有用于特定业务（如OA协同办公）的系统。这些系统共同支持了新华书店的日常运营和业务发展。