安装Windows系统时，推荐使用 NTFS文件系统。NTFS提供了更好的数据完整性和安全性，支持更大的文件和分区大小，并且可以自动修复磁盘错误。对于大多数现代Windows操作系统（如Windows 7、Windows 8、Windows 10等），NTFS是默认的文件系统。如果需要在安装过程中选择文件系统格式，通常在安装向导中会有选项让你选择NTFS或FAT32。如果使用Ghost等第三方工具进行系统备份和恢复，通常也会选择NTFS格式，因为Ghost对NTFS格式的支持更好。

然而，如果你需要在不同的操作系统之间进行兼容性测试，或者需要在没有Windows系统的计算机上安装系统，那么FAT32可能是一个更安全的选择，因为它对大多数操作系统都有很好的兼容性，并且能够存储大于4GB的文件。

总的来说，对于大多数情况，推荐使用NTFS格式，特别是在需要更高数据完整性和安全性的情况下。如果需要考虑兼容性，可以考虑使用FAT32格式。