安装系统时使用PE系统的主要原因如下：

临时紧急系统

PE系统是在Windows下制作出来的临时紧急系统，当电脑无法正常启动时，可以通过PE系统修复电脑里的各种问题，比如删除顽固病毒、修复磁盘引导分区、给硬盘分区、数据备份、安装电脑系统等。

数据备份与恢复

PE系统可以可视化地处理安装前所需要做的事情，例如将重要资料从C盘复制到其他盘。如果需要在重装系统前备份数据，PE系统提供了方便的数据备份和恢复功能。

系统维护与硬件检测

PE系统是一个精简版的Windows系统，内置了一些常用的系统维护工具。它可以用来检测硬件信息，如内存、CPU、硬盘等，帮助用户确定问题是出在硬件还是软件上。

安装系统的辅助工具

PE系统可以作为安装原版或各种ghost版本系统的辅助工具，特别是在使用U盘安装系统时，PE系统可以启动U盘并加载安装程序，方便用户进行系统安装。

绕过系统保护

PE系统可以在无视原系统文件保护的情况下进行修改，这对于系统崩溃时需要恢复重要文件或进行系统修复非常有用。

快速分区与引导修复

PE系统可以对新硬盘进行快速分区，并在系统无法正常启动时修复引导分区，从而恢复系统的正常使用。

综上所述，PE系统在安装系统时提供了临时的操作环境，方便用户进行数据备份、系统维护、硬件检测以及安装各种版本的操作系统。因此，在安装系统时，使用PE系统可以大大提高效率和便利性。