Steam Deck搭载的系统是 SteamOS。SteamOS是Valve公司开发的一款专为掌上游戏设备设计的操作系统，基于Linux内核。它支持几乎所有的Steam库游戏，包括通过Proton兼容层运行的Windows PC游戏。SteamOS v3.0是经过修改的Arch Linux操作系统，具有滚动升级的特性，并集成了游戏输入功能，使得Steam Deck能够作为手持设备或连接到显示器使用。