木村数控主要使用的系统包括 新代系统和 宝元系统。具体如下：

新代系统

新代系统是木村数控在20型数控车床上使用的系统，具有大行程X680和小行程X500的配置，并且可以加装中心架方便做长件。

宝元系统

宝元系统也在木村数控的某些型号上使用，例如0620B斜轨小数控车床。

建议在选择系统时，可以根据具体的加工需求和机床型号来决定使用哪种系统，以确保加工效率和精度。