魅族Note 3搭载的是基于Android 5.1深度定制的Flyme 5.1系统，具体信息如下：

系统版本

该设备最初发布时预装Flyme 5.1.3系统，后续通过系统更新升级至5.1.3.0A版本。系统内核基于Android 5.1（Lollipop），但通过Flyme的深度优化提升了流畅度。

系统特性

界面设计：

采用扁平化风格，图标以矩形或圆形为主，文件夹呈现半透明效果，整体界面清爽。

流畅度优化：Flyme 5.1对系统内核进行了优化，但内核版本仍为较旧的Android 5.1。

功能扩展：支持桌面文件夹命名输入表情、手机管家添加应用冻结功能等细节优化。

系统限制

由于内核版本较旧，部分高级功能（如多任务分屏、高帧率游戏优化）可能受限，且无法升级至更高版本的Flyme或Android系统。

综上，魅族Note 3的操作系统是专为该机型优化的Flyme 5.1，基于Android 5.1内核，主打简洁流畅的用户体验。