根据相关法律法规，海关调查中扣押手机的期限规定如下：

一般情况

海关扣留货物、物品、运输工具及账册、单据等资料的期限不得超过 1年。因案件调查需要，经直属海关关长或其授权的隶属海关关长批准，可以延长 1年，但需注意复议、诉讼期间不计入延长期限。

特殊情况

若涉及刑事案件，扣押物品期限适用《刑事诉讼法》规定：

一般不得超过 30日；

案情重大、复杂的，经公安机关负责人批准可延长 30日；

查明与案件无关的，应在 3日内解除扣押。

补充说明

海关与公安机关的扣押程序不同，需区分行政案件和刑事案件；

若在1年或30日调查结束后未作出处理决定，需依法解除扣押。