截至2025年4月5日，iPhone SE系列搭载的操作系统版本需根据具体机型区分：

iPhone SE第一代（2016年发布）

搭载iOS 9.3系统，发布于2016年3月。该版本新增了夜间模式、备忘录加密等功能。

iPhone SE第二代（2019年发布）

搭载iOS 12系统，发布于2019年3月。iOS 12优化了性能与续航，并引入了深色模式。

iPhone SE第三代（2024年发布）

搭载iOS 15.4系统，发布于2024年3月。该版本支持ProMotion自适应刷新率屏幕，性能和能效表现更优。

系统选择建议：

若追求极致性能与最新功能，第三代SE的iOS 15.4是最佳选择；

若偏好经典体验，第二代的iOS 12或第一代的iOS 9.3也可满足需求。