变异系统在《方舟：生存进化》中主要消除了原有孵化系统的等级限制，具体改变如下：

突破等级上限

传统孵化系统存在等级上限，例如野外的龙等级为150级，满级为120级，导致最终孵化出的种龙等级最多为224级。变异系统通过引入基因变异机制，打破了这一限制，允许孵化出更高等级的种龙，提升了种龙强度和多样性。

增加随机性与多样性

变异系统通过随机变异基因，使每次孵化结果具有独特性。这种机制不仅增加了游戏的策略深度，还鼓励玩家探索不同基因组合带来的潜在优势。

优化资源利用

由于等级上限的取消，玩家不再需要通过反复孵化低等级种龙来提升等级，从而节省了资源消耗和时间成本。

总结来看，变异系统通过消除等级限制、引入随机性，显著提升了游戏的孵化和进化策略空间，是游戏平衡性和趣味性的重要优化。