商船使用的系统主要包括以下几种：

资源信息管理系统

商船系统位于港口位置，主堡等级达到11级后可以解锁。商船没有等级之分，解锁后可以直接查看资源信息，包括粮食、木材、石料、铁矿以及金币等资源的数量。

物资管理系统

商船物资是当前商船刷新的物资信息，这里会几率刷新多种物资道具。

军事改装系统

商船可以通过改装提升军事实力，例如在民用大型货船之上直接搭载垂发系统，增强进攻和防御能力。商船具有较强的欺骗性和隐蔽性，导弹船可以依靠外部平台来指挥控制。

发动机冷却系统

例如，龙骨冷却C16 600商船应用了龙骨冷却系统，这种系统在泥沙、淤泥和浅滩中运行时有效冷却发动机，通过与海水的持续接触带走热量，无需将海水循环进入发动机冷却系统。

火警控制系统

船用火警控制装置是全船消防系统的核心，包括火警探头、警报装置及外部控制组设备。火警控制面板上可以查看并操作这些设备的工况信息。

这些系统共同构成了商船的基本运营和操作框架，确保商船在航行、资源运输和防御等方面的安全和效率。